С 1973 по 1978 год изучала физику в Лейпцигском университете. Там познакомилась с Ульрихом Меркелем, который в 1977 году стал ее мужем. Они прожили вместе пять лет. Окончив учебу с отличием, Меркель переехала в Берлин, где с 1978 по 1990 год работала в Центральном институте физической химии Академии наук ГДР в Берлине. Там в 1984 году она познакомилась с Йоахимом Зауэром, за которого вышла замуж в 1998 году. В 1986 году защитила докторскую диссертацию по квантовой химии.
В конце 1980-х годов Меркель занялась политикой.
1989 - вступает в организацию Демократический прорыв, а в 1990 году стала заместителем официального представителя в первом некоммунистическом правительстве ГДР, которое возглавлял Лотар де Мезьер.
Август 1990 - *вступает в Христианско-демократический союз (ХДС) и в том же году становится депутатом первого объединенного Бундестага от этой партии. Пользовалась покровительством лидера ХДС и федерального канцлера Гельмута Коля.
1991-1998 - заместитель председателя ХДС. С 1991 по 1994 год занимает пост министра по делам женщин и молодежи. С 1993 по 2000 год была председателем отделения ХДС в федеральной земле Мекленбург - Передняя Померания.
1994-1998 - министр по делам окружающей среды, охраны природы и безопасности ядерных реакторов.