1998 - избирается генеральным секретарем, а в 2000 году – председателем партии ХДС. В 2002 году возглавляет фракцию ХДС/ХСС в Бундестаге. После победы на досрочных выборах 18 сентября 2005 года, которую ХДС и ХСС одержали с незначительным преимуществом, было сформировано правительство "большой коалиции", включившей христианские партии и СДПГ (Социал-демократическая партия).
22 ноября 2005 - Бундестаг утверждает Ангелу Меркель на пост федерального канцлера. Меркель стала одновременно первой женщиной-канцлером и самым молодым канцлером (на момент избрания ей был 51 год). Меркель быстро добивается рекордной популярности (80% поддержки со стороны немцев). Меркель выступала за признание независимости Косово, но вскоре высказалась и против расширения НАТО на восток и приема в военный блок Украины и Грузии. Позиция канцлера изменилась после российско-грузинского военного конфликта 2008 года, когда она заявила, что Грузия должна войти в НАТО.