Евгений Петрович, Вашей супруге надо начинать не с обмена паспорта, а с процедуры перемены имени (фамилии). Если Ваша супруга гажданка России *и постоянно проживает в Германии, обратившись в российское консульство (в чьё консульское обслуживание входит Ваш город) написать заявление по форме № 15 о перемене имени *и набор дркументов. Если консульство откажет, то Вы также сможете потребовать письменный отказ консульского учреждения об исполнени функции перемены имени с указанием причины отказа. Можете сослаться на основополагющий документ для работы консульства РФ в вопросах ЗАГС: Административный регламент исполнения государственной функции по государственной регистрации актов гражданского состояния граждан Российской Федерации, проживающих за пределами территории Российской Федерации, утвержденным приказом МИД России от 3 сентября 2008 года N 13579.
После перемены имени и получения Свидетельства о перемене имени Ваша супруга оформит загранпаспорт на новую фамилию.