Это не проблематично. При выезде нужно взять в ауслендерамте подтверждение вашей визы. там указывается что человек выезжает для замены паспорта. По этому подтверждению и старому паспорту с видом на жительство ( а сейчас паспорта отдают на руки) можно беспрепятственно внрнуться в Германию.